农药学是植物保护学科下设的二级学科，是一门与化学、生物学、环境科学等多学科交叉的综合性学科，主要研究方向包括农药化学、农药生物学、农药毒理学、农药制剂加工、农药环境毒理、农药应用技术等。

20世纪50年代以来，南京农业大学一直从事农药毒理学机制与新药剂研发、有害生物抗药性监测与治理技术、农药残留检测与环境毒理的研究，成功研制出灭铃皇、浸种灵等多个具有重要影响力的农药品种，发现β₂微管蛋白、肌球蛋白-5、丝束蛋白等农药新靶标，为保障国家粮食安全做出了突出贡献。沈晋良教授获得全国先进工作者，周明国教授获得光华工程科技奖、中国科协先进工作者、农药行业突出贡献奖等荣誉。

南京农业大学农药学科于1996年和1998年分别获得硕士和博士学位授予点，2000年成立农药科学系，2001年被获评江苏省重点学科，2007年与植物病理学、农业昆虫与害虫防治两个二级学科共同获批植物保护一级国家重点学科。

目前，农药学科建有7个科研团队：

杀菌剂生物学实验室

杀虫剂毒理与抗性研究实验室

除草剂毒理与抗药性实验室

农药残留与环境毒理实验室

杀虫剂药理与神经毒理学实验室

天然产物与农药化学实验室

农药靶标生物学实验室

共有教职工32人，其中教授14人，副教授9人，包括光华工程科技奖获得者1人、国家优青获得者2人、中组部国家级四青人才2人、国家海外青年人才1人、江苏省特聘教授等省部级人才6人，形成了一支梯队结构合理、学术思维活跃的高水平教学科研团队。

学科依托...